Добавление и настройка обезличенной ЭЦП
Для работы с электронной подписью установленной на сервер 1С Предприятие требуется дополнительно в используемой конфигурации 1С установить соответствующие галочки. Обычно это Администрирование:Общие настройки:Электронная подпись и шифрование.

Сертификат обязательно должен быть установлен от учётной записи, от которой работает служба 1С Предприятия.

Варианты установки ЭЦП описаны на сайте КриптоПро:
Вариант 1 (если сертификат записан в контейнер закрытого ключа)
Зайдите Пуск-Все программы-КРИПТО-ПРО-КриптоПро CSP.

Перейдите на вкладку Сервис.

Нажмите - Просмотреть сертификаты в контейнере...

В открывшемся окне нажмите Обзор...

В открывшемся окне выберите контейнер закрытого ключа, нажмите ОК.

[red| Важно:] Не надо менять значения в пункте "Выберите CSP для поиска ключевых контейнеров"
Вне зависимости от значения, оставляем то что выбралось по умолчанию
Нажмите Далее.

Нажмите Установить, нажмите ОК (или, если сертификат уже присутствовал в хранилище, согласитесь на замену, нажав Да).
Нажмите Готово.
Вариант 2 (установка с использованием файла сертификата .cer)
Зайдите Пуск-Все программы-КРИПТО-ПРО-КриптоПро CSP.