Добавление и настройка обезличенной ЭЦП

Для работы с электронной подписью установленной на сервер 1С Предприятие требуется дополнительно в используемой конфигурации 1С установить соответствующие галочки. Обычно это Администрирование:Общие настройки:Электронная подпись и шифрование.

Сертификат обязательно должен быть установлен от учётной записи, от которой работает служба 1С Предприятия.

Варианты установки ЭЦП описаны на сайте КриптоПро:
Вариант 1 (если сертификат записан в контейнер закрытого ключа) Зайдите Пуск-Все программы-КРИПТО-ПРО-КриптоПро CSP.