Добавление и настройка обезличенной ЭЦП
Для работы с электронной подписью установленной на сервер 1С Предприятие требуется дополнительно в используемой конфигурации 1С установить соответствующие галочки. Обычно это Администрирование:Общие настройки:Электронная подпись и шифрование.
Сертификат обязательно должен быть установлен от учётной записи, от которой работает служба 1С Предприятия.
Варианты установки ЭЦП описаны на сайте КриптоПро: